Jef Wijsen a des activités de recherche dans le domaine des systèmes de base de données. Il a publié des articles dans les revues et conférences les plus prestigieuses de ce domaine de recherche (ACM TODS, Information Systems, JCSS, IEEE TKDE, ACM PODS, ICDT, PVLDB...). Il a fait partie du comité de rédaction des revues scientifiques Information Processing Letters et The VLDB Journal. Pendant les vingt dernières années, il a servi dans plus de 100 comités de programme de conférences ou ateliers internationaux. Il a notamment co-présidé les comités de programme de TIME 2010, SUM 2013 et TIME 2017. Il dirige le Service des Systèmes d'Information.