Justine Gaugue mène et dirige des recherches dans le champ de la psychologie clinique du bébé, de l'enfant et de l'adolescent. La question de l'ajustement parent/enfant dans des situation de vulnérabilité psychique et/ou somatique est explorée, à l'instar des recherches portant sur la consommation de substances pendant la grossesse, les pertes prénatales et la leucémie de l'enfant. Les méthodologies mixtes, alliant apports qualitatifs et quantitatifs, sont privilégiées.